ハマったため記載しておく
キーワードは入れ子

設定

ハマったところ

動作について、最初に location /phpmyadmin が選択され
indexディレクティブによってindex.phpにリダイレクトされ
[A]の location ~ \.php$ を選択している
(おそらく location /phpmyadmin を継承しており、aliasの設定も引き継いでいる)

このとき入れ子していなければ、[B]の location ~ \.php$ が利用される
このとき alias が効かないため、実際は /phpmyadmin/index.php を探し、403エラーとなっていた

参考

locationの設定
http://heartbeats.jp/hbblog/2012/04/nginx05.html

同じくハマっていた人
http://beautifulajax.dip.jp/?p=452