Puttyを利用して公開鍵認証でSSHをしようとしたが、おそらくバージョン差で[認証のためのプライベートキーファイル]項目がなかった。
[SSH]>[認証]>[クレデンシャル]>[認証のための秘密鍵ファイル]にppkファイルを設定することでSSH接続できた！