メリットはわからないが、やってみた。

# apt-mark showmanual | grep cowsay
cowsay
# apt-mark auto cowsay
cowsay は自動でインストールしたと設定されました。
# apt-mark showmanual | grep cowsay
# grep cowsay -A 2 /var/lib/apt/extended_states
Package: cowsay
Architecture: amd64
Auto-Installed: 1

参考

https://serverfault.com/questions/87933/how-to-remove-the-installed-manually-flag-and-revert-to-automatically-install